Az E46 hűtőrendszere sok műanyag elemet használ, és ezek a hő- és nyomásingadozástól elöregednek. Két pont romlik el gyakran.

A szívócsőben ülő örvényszelepek rögzítése a motor rezgésétől meglazul, és a szelep leválhat. Onnan a szívócsövön át a hengerbe kerül, és elviszi a dugattyút meg a szelepeket, ezért a javítás ára a szelep árától a motorfelújításig terjed. A régebbi, fém lapátos darabok a legveszélyesebbek. A tünet a nyugtalan alapjárat, a teljesítmény-esés és az alkalmi rángatás, a hibatárban pedig a P2015 kód. Az M47TU2-n ez a leggyakoribb eset. A megelőzés kétféle. Vagy megerősített szelepet építenek be, alumíniumot vagy csavarbiztosítással szereltet, vagy a szelepeket kiveszik és vakleméz kerül a helyükre. A második a radikálisabb, és a kockázatot nullára viszi; sok műhely ezt ajánlja, és a légáramláson sem romlik tőle.

A szívócsőben ülő örvényszelepeket csavarok tartják, és ezeket a motor rezgése 120 000 kilométer fölött meglazíthatja. A kilazult csavar leválhat, és a szívócsövön át a hengerbe kerül.

A vezérműlánc 180 000 kilométertől megnyúlik, és a láncfeszítő sem tartja már rendesen. A feszítő hidraulikus, és hideg olajnál, alacsony olajnyomáson nem reagál elég gyorsan: hidegindításkor a lánc egy pillanatra meglazul, és ilyenkor át is ugorhat. Ha átugrik, a szelepek és a dugattyúk összeérnek. Az elmaradt olajcserék gyorsítják a folyamatot, mert a koszos olaj koptatja a láncot és a lánckerekeket. A tünetnek két fokozata van, és a kettő nem ugyanazt jelenti. Ha reggel, hidegen egy-két másodpercig csörög, majd elhallgat, a lánc már megnyúlt, de még van idő cselekedni. Ha a csörgés meleg motornál is hallható, a lánc erősen megnyúlt és a feszítő a végén dolgozik: ilyenkor nem érdemes tovább vezetni. A lánc a motor hátsó oldalán, közvetlenül a tűzfalnál fut, ezért nehezen hozzáférhető, és sok dízelnél a cseréhez az egész motort ki kell szerelni. Maga az anyag nem drága: a lánc 150-300 euró, a javított kivitelű feszítő 80-150 euró. A munka teszi ki a költség javát.

Az E46 ismert szerkezeti hibája a hátsó segédkeret felfogatása. A hátsó tengelytartó lemeze nem bírja a segédkeret és a differenciálmű csavaró terhelését: a felfogatási pontok körül a padlólemez reped, szélsőséges esetben a felfogatás kiszakad a karosszériából.

A turbó csapágya a motorolajból kap kenést, és a leggyakoribb kiesési ok itt a kenéshiány. Az olajelővezetékben lerakódás képződik, és ettől a csapágy nem kap elég olajat. Az elmaradt olajcsere és a gyenge minőségű olaj külön is gyorsítja a folyamatot. A tünet a sípoló vagy búgó hang gyorsításkor, a teljesítmény-esés vagy vészüzem, és a fekete füst a kipufogóból. A turbó cseréje önmagában kevés: ha az olajelővezetéket nem tisztítják ki vagy nem cserélik, az új turbó ugyanúgy jár. A megelőzés három dolog. Olajcsere legalább 15 000, inkább 10 000 kilométerenként BMW Longlife-04 minősítésű olajjal, az olajelővezeték ellenőrzése, és hogy hidegindítás után ne pörgesd fel azonnal a motort: a turbónak előbb olajnyomás kell. 180 000 kilométer felett a megelőző ellenőrzés külön megtérül.