Az E46 ismert szerkezeti hibája a hátsó segédkeret felfogatása. A hátsó tengelytartó lemeze nem bírja a segédkeret és a differenciálmű csavaró terhelését: a felfogatási pontok körül a padlólemez reped, szélsőséges esetben a felfogatás kiszakad a karosszériából.

A jelenség az 1999–2006-os teljes sorozatot érinti, és nem a futásteljesítménytől függ: kis és nagy kilométeres, gyári és módosított példányokon egyaránt előfordul.

A szemle nehéz. A repedés gyakran csak a segédkeret kiszerelése után látszik, Könnyű „nincs repedés” eredményt kapni, ha nem ott nézik, ahol a lemez reped. A gyártó habbal töltött javítása rövid életű volt; a tartós megoldás erősítő lemezek behegesztése.