Az E46 hűtőrendszere sok műanyag elemet használ, és ezek a hő- és nyomásingadozástól elöregednek. Két pont romlik el gyakran.

A tágulási tartály repedezik és eltörik: sokszor előjel nélkül, menet közben, és a hűtőfolyadék percek alatt elfogy.

A hathengeres motorok vízpumpájának járókereke műanyag, és 100–160 ezer kilométer között gyakran eltörik. Ilyenkor a keringés megszűnik, a letört darabok pedig szétszóródnak a rendszerben: a javítás nem merül ki a pumpa cseréjében.

Ez nem gyári hiba, hanem a szerkezet természete: a hűtőrendszer az E46-nál kopó alkatrész. Ha a szervizkönyvben nincs nyoma a cserének, a műanyag tartály és a vízpumpa cseréjével számolj. A túlmelegedett hathengeres hengerfejének javítása sokba kerül, akár az autó áránál is többe.