A 2008-as EA888-cal a VW szíjról láncra váltott, és az első két generáció feszítője gyenge lett: a racsnis szerkezet öregedve nem tartja meg a helyzetét, amikor a motor leáll és az olajnyomás megszűnik. Az olaj éjszaka lefolyik, a lánc meglazul. A tünet sokáig ártalmatlannak látszik (rövid, néhány másodperces zörgés hidegindításkor, ahogy a lánc a vezetősínnek csapódik), aztán egyszer csak átugrik, és a motor belül súlyosan károsodik. Onnantól a javítás hengerfej vagy motorfelújítás. A gyártó 2012 körül már javított feszítőt épített be; a régin csak a csere segít, a hang megfigyelése nem.

A mechatronika mágnesszelepei elkopnak: lassú vagy durva váltás, majd vészüzem. Jellegzetes jel a hátramenet részleges vagy teljes elvesztése. A kuplungcsomag kopása vagy a rossz rugóerő rángatást és megcsúszást okoz. Az olajfürdős kivitel miatt ritkábban és nagyobb futásnál romlik el, mint a száraz DQ200, de amikor elromlik, drága.

A keresztmotoros VAG-modellek Aisin automatája széles csúszási tartományban zárja a nyomatékváltót, és ez fogyasztásban nyer, a súrlódóbetét élettartamában viszont veszít. A kopás jele a zárásnál érezhető rezgés, „berregés”, és a zárás ki-be kapcsolgatása.

A mechatronika szeleptestének egy vékony fala megrepedhet, ami nyomásvesztést okoz. Jellemző jelek: rángatás és durva váltás 1-ből 2-be alacsony sebességnél, villogó PRNDS-kijelzés, majd fokozat-bekapcsolási hiba, eleinte időszakosan.

A vízpumpa és a termosztát egybeépített háza műanyag, és közvetlenül a forró motorblokkra van csavarozva. A sok felmelegedés-lehűlés ciklustól megvetemedik, elridegül, majd hajszálrepedést kap: a hiba szinte mindig a ház, nem maga a szivattyú. Jele a lassan fogyó hűtőfolyadék látható tócsa nélkül, a hűtőfolyadék-szint lámpa, édeskés szag a motortérből, később rózsaszín folt a kocsi alatt. A javításnál a pumpát és a házat együtt kell cserélni, és a szívócsonkot is le kell szerelni hozzá: 4–6 óra munka. A 2015 és 2025 közötti évjáratokon fordul elő.

A közvetlen befecskendezésnél az üzemanyag nem mossa a beszívószelepeket: a benzin a hengerbe megy, nem a szelep mögé. Az EGR-en és a forgattyúház-szellőzésen érkező olajköd és korom ezért rárakódik a szelepszárra és -tányérra, és 80 000–100 000 kilométertől szűkíti az áramlást. Tünete akadozás, teljesítményvesztés, egyenetlen hidegindítás, gyújtáskimaradás. Nem alkatrészhiba: a szerkezet következménye, ezért visszatér. A tisztítás (dió- vagy szárazjeges) néhány tízezer kilométerre segít.

A karterszellőző a motor belsejében keletkező gőzt viszi vissza a szívósorba, és a nyomást egy gumimembrán szabályozza. Ez a membrán az olajtól és a hőtől megkeményedik, majd elszakad, és onnan a szívórendszer szívja a levegőt a membrán lyukán keresztül. A motorvezérlő ezt a levegőt nem méri meg, ezért a keverék elromlik: a motor alapjáraton rázkódik, gyorsításnál megbicsaklik, és a hibatárba a P2279 szívórendszer-tömörtelenség kerül. A másik irányban az olaj indul el a szívósorba, ami a töltéslevegő-hűtőben és a szívócsonkon olajos filmet hagy, és gyorsítja a szívószelepek kokszosodását. Hallható jele a sípoló vagy sziszegő hang a motortérből, ami alapjáraton a leghangosabb. A szakadást 60 000 és 90 000 kilométer között jelentik. Az első és a második generációnál a szellőző külön cserélhető szelep (gyári szám 06H 103 495 AK), és 80-400 euró között van; a harmadik generációtól a szelepfedélbe van építve, ezért ott a fedél kerül cserére. A gyártó 2016-ig három változatot adott ki, és a nem a motorhoz tartozó nyomásváltozat beépítése újra ugyanazt a tünetet hozza.

A műszerfalon megjelenik az „Error: Workshop! Only leave vehicle in position P” felirat, hangjelzéssel. Magyar és német nyelvű autóban ugyanez: „Hiba: Szerviz! A járművet csak P helyzetben hagyja el”, illetve „Fehler: Werkstatt! Fahrzeug nur in Stellung P verlassen”.

A Mk2 védjegye a kétféleképpen nyíló (Twindoor) csomagtérajtó: külön csomagtartó-fedélként és külön ferdehátú ajtóként is nyitható. A szerkezet több zsanért és egy átkapcsoló mechanikát jelent, és ezek kenés hiányában beszorulnak: az ajtó nehezen jár, akad, vagy az egyik üzemmód egyáltalán nem működik.