Sok OM646-tulajdonos nem tudja, hogy ennek a motornak vezérműszíja van, nem vezérműlánca. A szíj nem csak a vezérműtengelyt hajtja, hanem a befecskendező pumpát is, és a vízpumpa szintén róla megy. Interferencia-motor: ha a szíj elszakad, a szelepek és a dugattyúk összeérnek, és a vége négyjegyű javítás vagy gazdasági totálkár. A gyári csereelőírás 200 000 kilométer vagy 10 év, amelyik előbb eljön. A tapasztalt műhelyek ezt 150 000 kilométerre rövidítik, főleg ismeretlen szervizelőzményű vagy sokat városban járó darabon. A cserénél a feszítő- és a terelőgörgőt is érdemes kiváltani, mert azok állapota szemrevételezéssel nem látszik, és a vízpumpát is, hiszen ugyanaz a szíj hajtja. A teljes csere szabad szervizben 500-900 euró, márkaszervizben 800-1400 euró. Ez a legfontosabb megelőző beavatkozás ezen a motoron.

A kettős tömegű lendkerék az OM646 egyik leggyakoribb drága javítása, főleg kézi váltós, városban járó autón. A két tárcsát szegecsek tartják, és ezek elnyíródhatnak, amitől a lendkerék kiegyensúlyozatlanná válik. Jellemzően 150 000 és 200 000 kilométer között megy el, vezetési stílustól függően: a sok elindulás városban hamarabb elhasználja. A tünet a rezgés alapjáraton és a fémes zörgés kuplungoláskor. A kiegyensúlyozatlanság a kuplungtárcsát és a főtengely-jeladót is tönkreteheti, tehát egy lendkerékhibából több alkatrész cseréje lesz. A munka azért is drága, mert a váltót ki kell szerelni hozzá.

Az injektorok ennél a generációnál belülről kopnak, és a fúvókatűn lerakódás képződik a maradék üzemanyagból meg a hőtől. A kopott injektor több üzemanyagot enged vissza a visszafolyó ágba, mint amennyit kellene. A tünet az egyenetlen járás hidegen, a nehéz indítás, a kormozódás és a halk kalapáló hang. A legbiztosabb vizsgálat a visszafolyó mennyiség mérése injektoronként. Ha egy injektor visszafolyása kiugrik a többi közül, az az injektor belülről tömörtelen. A Bosch rendszerű OM646-on a mennyiség-korrekció határértéke löketenként plusz-mínusz 5 köbmilliméter: ha egy injektor eléri ezt, cserélni kell. Ez a mérés gyorsabban megmondja, melyik darab a hibás, mint bármilyen hibakód-olvasás. A hiba 180 000 kilométer fölött jön elő.