A 2008-as EA888-cal a VW szíjról láncra váltott, és az első két generáció feszítője gyenge lett: a racsnis szerkezet öregedve nem tartja meg a helyzetét, amikor a motor leáll és az olajnyomás megszűnik. Az olaj éjszaka lefolyik, a lánc meglazul. A tünet sokáig ártalmatlannak látszik (rövid, néhány másodperces zörgés hidegindításkor, ahogy a lánc a vezetősínnek csapódik), aztán egyszer csak átugrik, és a motor belül súlyosan károsodik. Onnantól a javítás hengerfej vagy motorfelújítás. A gyártó 2012 körül már javított feszítőt épített be; a régin csak a csere segít, a hang megfigyelése nem.

A mechatronika mágnesszelepei elkopnak: lassú vagy durva váltás, majd vészüzem. Jellegzetes jel a hátramenet részleges vagy teljes elvesztése. A kuplungcsomag kopása vagy a rossz rugóerő rángatást és megcsúszást okoz. Az olajfürdős kivitel miatt ritkábban és nagyobb futásnál romlik el, mint a száraz DQ200, de amikor elromlik, drága.

Ugyanaz a szerkezet, mint a szívó FSI-ben, csak a turbós 2.0-ban: a nagynyomású üzemanyag-szivattyút a vezértengely hajtja egy lapos bütyökkövetőn keresztül, ami olajfilmre van utalva. A követő átkophat, és ha átlyukad, a vezértengely bütykét is elviszi: a javítás a hengerfejet is érinti. Menet közben gyorsulás alatti akadozás, leállás, alacsony üzemanyagnyomás-hibakód. A követő kivehető és szemre megítélhető, ez körülbelül tíz perc.

Az Eos ötrészes, üvegtetős keménytetője a modell fő vonzereje és fő kockázata is. A közismert szivárgás a tető hátsó élén, az üvegpanel csatlakozásánál lép fel: a víz a hátsó oldalfalba jut, és a szőnyeg alatt gyűlik össze.

A karterszellőző a motor belsejében keletkező gőzt viszi vissza a szívósorba, és a nyomást egy gumimembrán szabályozza. Ez a membrán az olajtól és a hőtől megkeményedik, majd elszakad, és onnan a szívórendszer szívja a levegőt a membrán lyukán keresztül. A motorvezérlő ezt a levegőt nem méri meg, ezért a keverék elromlik: a motor alapjáraton rázkódik, gyorsításnál megbicsaklik, és a hibatárba a P2279 szívórendszer-tömörtelenség kerül. A másik irányban az olaj indul el a szívósorba, ami a töltéslevegő-hűtőben és a szívócsonkon olajos filmet hagy, és gyorsítja a szívószelepek kokszosodását. Hallható jele a sípoló vagy sziszegő hang a motortérből, ami alapjáraton a leghangosabb. A szakadást 60 000 és 90 000 kilométer között jelentik. Az első és a második generációnál a szellőző külön cserélhető szelep (gyári szám 06H 103 495 AK), és 80-400 euró között van; a harmadik generációtól a szelepfedélbe van építve, ezért ott a fedél kerül cserére. A gyártó 2016-ig három változatot adott ki, és a nem a motorhoz tartozó nyomásváltozat beépítése újra ugyanazt a tünetet hozza.

A műszerfalon megjelenik az „Error: Workshop! Only leave vehicle in position P” felirat, hangjelzéssel. Magyar és német nyelvű autóban ugyanez: „Hiba: Szerviz! A járművet csak P helyzetben hagyja el”, illetve „Fehler: Werkstatt! Fahrzeug nur in Stellung P verlassen”.