A PD (pumpa-fúvóka) elemet egyetlen oldalsó csavar rögzíti a hengerfejben. Idővel az ülék kijátszódik: a rögzítés meglazul, a rézgyűrű nem tömít, és a forró égéstérgáz átfúj. Előbb jellegzetes „szuszogó”, ütemes fúvó hang hallatszik a motor tetejéről hidegen, korom jelenik meg a szelepfedél alatt, majd a hengerfej ülékfelülete kimarósodik. Ekkor már nem elég a tömítés cseréje: a fej felújítása vagy cseréje kell. Az 1998 és 2010 közötti PD-motorokat érinti, mérettől függetlenül.

A könnyű, magnéziumházas MQ200 és a nagyobb nyomatékra méretezett MQ250 a keresztmotoros VAG-modellek legelterjedtebb kézi váltói. Mindkettőn ugyanaz a két gyenge pont, és mindkettő a használattól függ.

A szélvédő alatti vízgyűjtő teknő (ahol az ablaktörlő-mechanika ül) levéltől és portól eltömődik. A víz nem tud elfolyni, megáll, és befolyik az utastérbe: jellemzően az első lábtérbe, gyakran az utasoldalon.

A hátsó segédkeret felületi korróziója a Mk2 ismert jelensége, leginkább a 2010 előtti példányokon; a 2010–2013-as késői ráncfelvarrásos kocsikon kevesebb a rozsda. Mellette a küszöb, a kerékjárat-perem és a szélvédő-keret a tipikus gócpont.

A lendkerék belső rugói elfáradnak, a két tárcsa egymáshoz ver. Jele a harangház felőli zörgés-kopogás alapjáraton, kuplungpedál felengedésekor, és rezgés a padlóban. Ha égett szag nélkül csúszik a kuplung, az is a lendkerékre utal. Érdemes időben cserélni: a szétesett lendkerék a harangházat is tönkreteheti. Kuplungcserekor amúgy is együtt jár a kettő.

A PD befecskendezőket (1.4, 1.9 és 2.0 TDI egyaránt) maga a vezértengely hajtja, több mint 2000 bar ellenében. Ettől a bütykök és a himbák gyorsan kopnak: előbb kopogó hang, majd egyenetlen alapjárat, nehéz indítás és teljesítményvesztés. Az ok a nem megfelelő olaj: a PD-motor VW 505.01 előírású, PD-minősítésű 5W-40-es kenőanyagot kíván. A sima szintetikus kevés, és a hétköznapi 5W-30 mellett a bütykök átkophatnak.

Az állítható geometriájú turbó lapátjait az EGR-en át érkező korom és olaj ragasztja össze. Előbb túlnyomás vagy nyomáshiány jelentkezik, majd teljesítményvesztés 2000-es fordulat fölött, végül vészüzem. Ha időben elkapják, a turbót elég kiszerelni, kitisztítani és új állítórudat tenni bele. A rövid, városi utak és a kímélő, alacsony fordulatú vezetés gyorsítja a lerakódást.

A G62 jeladó mondja meg a motorvezérlőnek, hány fokos a hűtőfolyadék. Ha hibás, a vezérlő hidegnek hiszi a meleg motort, és dúsítva jár: nehéz meleg- vagy hidegindítás, egyenetlen alapjárat, feltűnően megnőtt fogyasztás, és a műszerfali hőmérő ugrál vagy nem éri el a szokásos értéket. Az alkatrész olcsó és fél óra alatt cserélhető: a baj az, hogy sokan nem ismerik fel, és befecskendezőt vagy lambdaszondát cserélnek helyette. Ha a hiba tartós, a dúsított keverék a katalizátort is tönkreteheti.

A G28 jeladó melegedésre kihagy. Menet közben az autó leáll, majd pár perc múlva újra indul. Melegen nehezen vagy egyáltalán nem indul, hidegen viszont igen, ezért a szerviznél gyakran nem jön elő. A hibakód sem mindig marad benn.