A könnyű, magnéziumházas MQ200 és a nagyobb nyomatékra méretezett MQ250 a keresztmotoros VAG-modellek legelterjedtebb kézi váltói. Mindkettőn ugyanaz a két gyenge pont, és mindkettő a használattól függ.

A szélvédő alatti vízgyűjtő teknő (ahol az ablaktörlő-mechanika ül) levéltől és portól eltömődik. A víz nem tud elfolyni, megáll, és befolyik az utastérbe: jellemzően az első lábtérbe, gyakran az utasoldalon.

A hátsó segédkeret felületi korróziója a Mk2 ismert jelensége, leginkább a 2010 előtti példányokon; a 2010–2013-as késői ráncfelvarrásos kocsikon kevesebb a rozsda. Mellette a küszöb, a kerékjárat-perem és a szélvédő-keret a tipikus gócpont.

A G62 jeladó mondja meg a motorvezérlőnek, hány fokos a hűtőfolyadék. Ha hibás, a vezérlő hidegnek hiszi a meleg motort, és dúsítva jár: nehéz meleg- vagy hidegindítás, egyenetlen alapjárat, feltűnően megnőtt fogyasztás, és a műszerfali hőmérő ugrál vagy nem éri el a szokásos értéket. Az alkatrész olcsó és fél óra alatt cserélhető: a baj az, hogy sokan nem ismerik fel, és befecskendezőt vagy lambdaszondát cserélnek helyette. Ha a hiba tartós, a dúsított keverék a katalizátort is tönkreteheti.

A kilencvenes évek végétől a 2006 körüli benzinesekben másodlevegő-szivattyú fúj friss levegőt a kipufogóba hidegindításkor, hogy a katalizátor gyorsabban üzemi hőmérsékletre jusson. A szivattyú lapátkereke berozsdásodik vagy a csapágya beáll, a kombinált szelepet (N112) korom tömíti el, a gumicsövek pedig elrepednek. A vezérlő ilyenkor a `P0411` kódot tárolja el. Menetre alig hat, de a motorhiba-lámpa ég, és a környezetvédelmi vizsgálat emiatt elbukhat, a műszaki vizsgával együtt.