Az MQB-s modellekben a DQ250-et váltó 7 fokozatú, nedves kuplungos DSG (0GC / DQ381) a mechatronika felől sérülékeny. Jellemző a durva 2–3 kapcsolás, a késleltetett D/R bekapcsolás és a vészprogram; a kuplung helyzetjeladóinak hibája külön kódcsoportot ad.

A vízpumpa és a termosztát egybeépített háza műanyag, és közvetlenül a forró motorblokkra van csavarozva. A sok felmelegedés-lehűlés ciklustól megvetemedik, elridegül, majd hajszálrepedést kap: a hiba szinte mindig a ház, nem maga a szivattyú. Jele a lassan fogyó hűtőfolyadék látható tócsa nélkül, a hűtőfolyadék-szint lámpa, édeskés szag a motortérből, később rózsaszín folt a kocsi alatt. A javításnál a pumpát és a házat együtt kell cserélni, és a szívócsonkot is le kell szerelni hozzá: 4–6 óra munka. A 2015 és 2025 közötti évjáratokon fordul elő.

Az MQB-evo generáció MIB3 érintőképernyője lefagy, magától újraindul, és néha fekete marad. A What Car? felmérésében a 8Y-os A3 tulajdonosainak 59%-a jelentett hibát, és ezek 44%-a a fedélzeti rendszerre vonatkozott. A hangerő és a hőmérséklet érintőcsúszkán áll, fizikai gomb helyett, és ha a rendszer akad, menet közben sem lehet velük állítani.

A műszerfalon megjelenik az „Error: Workshop! Only leave vehicle in position P” felirat, hangjelzéssel. Magyar és német nyelvű autóban ugyanez: „Hiba: Szerviz! A járművet csak P helyzetben hagyja el”, illetve „Fehler: Werkstatt! Fahrzeug nur in Stellung P verlassen”.