Az AGR-hűtő a visszavezetett kipufogógázt hűti le, mielőtt az újra a szívórendszerbe kerül, és közben hűtőfolyadék folyik rajta át. A két oldal között nagy a hőmérséklet-különbség, ezért a fal megrepedhet vagy a tömítés átengedhet, és akkor a hűtőfolyadék a kipufogó- vagy a szívóoldalra kerül. Ettől nem lesz tócsa az autó alatt, és kívülről nem látszik a szivárgás helye: a folyadék elgőzölög, a szint pedig lassan, hetek alatt csökken. A kísérő jelek a fehéres füst, az emelkedő hűtőfolyadék-hőmérséklet, a hűtőrendszerben megnőtt nyomás és az édeskés szag. Ha hónapokig így megy, a hengerfej is károsodhat, mert a hűtés fokozatosan elromlik. Az EA189-eken a P2425 hibakód szokott hozzá megjelenni. A jelenséget 100 000 kilométer felett jelentik, a hűtő cseréje pedig 600–1500 euró.

Rövid, városi utakon a részecskeszűrő nem tud végigégni. A motorvezérlő ilyenkor utólagos gázolaj-befecskendezéssel próbálja felfűteni a szűrőt, és a gázolaj egy része a hengerfalon át az olajteknőbe jut. Az olajszint emelkedik, az olaj hígul, a kenőképessége romlik.

Az AdBlue-s (SCR-es) dízeleknél a katalizátor utáni NOx-érzékelő elöregszik, és az adagolószelep hegye kikristályosodik. A műszerfalon AdBlue-figyelmeztetés jelenik meg, gyakran visszaszámlálóval („még X km-t indíthat”), miközben a tartály tele van. A kristályosodás tipikusan rövid távú, városi használatnál alakul ki, illetve gyenge minőségű AdBlue-tól; a fagypont alatt álló autónál a kör be is fagyhat.

A lendkerék belső rugói elfáradnak, a két tárcsa egymáshoz ver. Jele a harangház felőli zörgés-kopogás alapjáraton, kuplungpedál felengedésekor, és rezgés a padlóban. Ha égett szag nélkül csúszik a kuplung, az is a lendkerékre utal. Érdemes időben cserélni: a szétesett lendkerék a harangházat is tönkreteheti. Kuplungcserekor amúgy is együtt jár a kettő.

Az MQB-evo generáció MIB3 érintőképernyője lefagy, magától újraindul, és néha fekete marad. A What Car? felmérésében a 8Y-os A3 tulajdonosainak 59%-a jelentett hibát, és ezek 44%-a a fedélzeti rendszerre vonatkozott. A hangerő és a hőmérséklet érintőcsúszkán áll, fizikai gomb helyett, és ha a rendszer akad, menet közben sem lehet velük állítani.